La misión central del IISUE es generar y difundir conocimientos originales sobre la universidad y la educación en todas sus modalidades y niveles; resguardar y gestionar el Archivo Histórico de la Universidad; así como formar investigadores y profesionales en sus campos de especialidad. Para el cumplimiento de sus fines académicos, el IISUE cuenta con la Coordinación Editorial, la Biblioteca y el Departamento de Cómputo. Asimismo, tiene a su cargo el Museo UNAM Hoy, el cual difunde la historia y la actualidad de la UNAM.
Fortalecer y consolidar el lugar académico del IISUE —bajo un horizonte de amplia interacción institucional, nacional e internacional— como una institución clave para la investigación y la praxis de la educación en sus diferentes modalidades y niveles, aportando conocimientos pertinentes y relevantes acerca de dicha temática. Asimismo y con base en rigurosos criterios de desempeño académico, proyectar al Archivo Histórico de la UNAM y al Museo UNAM Hoy, como referentes en sus ámbitos de actuación.
